El GIP SPSI funciona estructurado en tres órganos directivos que participan en la definición de sus orientaciones y en el seguimiento de sus intervenciones.
Reúne a todos los miembros del GIP con un titular por cada entidad, salvo el Estado que designa a seis representantes.
La junta general aprueba, modifica (en la forma de acta adicional) y reconduce el convenio constitutivo del GIP. Decide también de la admisión de los nuevos miembros.
Esta formado por once miembros, designados por la junta general con mandatos de tres años y representa a los miembros fundadores.
Se reúne por lo menos dos veces al año, y tiene, especialmente, por misión:
Instaurado al lado del Presidente del GIP, el Consejo de Orientación tiene papel consultivo.
Agrupa a los Directores de las Cajas Nacionales de Seguridad Social o a los representantes de estos (miembros de derecho) y a personalidades designadas para tres años por el Consejo de Administración con base a competencias, peritajes y trabajos de investigaciones en los ámbitos de la salud y de la protección social y particularmente en relación con asuntos internacionales.
El Consejo de Orientación se reúne por lo menos una vez al año y tiene por objeto asesorar al Consejo de Administración para la clarificación de las opciones y de los objetivos prioritarios en materia de ayuda técnica y de cooperación.
El Consejo de orientación ha constituido tres grupos de trabajo temáticos sobre respectivamente :
La Presidencia de la Junta general, del Consejo de administración y del Comité de orientación la ostenta Jean-Marie Spaeth, el Presidente del GIP SPSI.